El Ministerio de Sanidad y Consumo contará con un presupuesto para el año 2009 de un total de 760,2 millones de euros, lo que supone una reducción de casi el 25% con respecto a este año debido a la pérdida de competencias del Instituto de Salud Carlos III a favor del Ministerio de Ciencia e Innovación.

El presupuesto incluye una menor dotación en programas de Cohesión y Calidad del SNS y en Salud Pública y Sanidad Exterior. Sin embargo, aumentan su presupuesto ámbitos como los programas de donación y trasplantes de órganos y el Programa de Oferta y Uso Racional de Medicamentos y Productos Sanitarios.